‘మీకు అండగా నిలబడ్డాం. మీతో పాటు పఠాన్లు దేశ స్వాతంత్య్రం కోసం ఎన్నో త్యాగాలు చేశారు. చివరకు మీరు మమ్మల్ని నక్కల పాలు చేశారు’ అని సీడబ్ల్యూసీను ఉద్దేశించి ఖాన్ వ్యాఖ్యానించారట. ‘పాక్లో ఉంటారా, భారత్లో ఉంటారా? అని తేల్చుకోమన్నారనే గానీ స్వతంత్య్ర భారతదేశంలో ఉంటారా? అంటూ మాకు మరో ఆప్షన్ ఇవ్వలేదు’ అని ఖాన్ తన బాధను వ్యక్తం చేస్తూ దేశ విభజన అనంతరం పెషావర్కే పరిమితం అయ్యారు. అక్కడి ప్రభుత్వ విధానాలకు వ్యతిరేకంగా పోరాడి జైలు పాలయ్యారు. 1960వ దశకంలో జైలు నుంచి విడుదలయ్యాక అఫ్ఘాన్కు ప్రవాసం వెళ్లారు.
1969లో మహాత్మాగాంధీ శతజయంతి ఉత్సవాల సందర్భంగా గఫర్ ఖాన్ భారత్కు వచ్చారు. ఆయనకు ప్రజలు ఘన స్వాగతం పలికారు. అదే సమయంలో అహ్మదాబాద్తోపాటు దేశంలోని పలు చోట్ల హిందూ, ముస్లింల మధ్య అల్లర్లు చెలరేగాయి. ఆయన సరాసరి అహ్మదాబాద్ వెళ్లి అక్కడ అల్లర్లను ఆపేందుకు మూడు రోజులపాటు నిరాహార దీక్ష చేశారు. అల్లర్ల అనంతరం హిందూ ప్రాంతాల్లో, హిందువులు, ముస్లిం ప్రాంతాల్లో ముస్లింలు సహాయక చర్యల్లో పాల్గొనడం చూసి ఆయన దిగ్భ్రాంతి వ్యక్తం చేశారు.