गायब साक्ष्यों में 2012 में पेन पुलिस द्वारा बरामद किए गए कंकाल के अवशेष शामिल हैं, जिस वर्ष शीना बोरा की कथित तौर पर हत्या कर दी गई थी। लोक अभियोजक सीजे नंदोडे ने मुंबई में विशेष सीबीआई अदालत को सूचित किया कि फोरेंसिक विश्लेषण के लिए महत्वपूर्ण हड्डियों का पूरी तरह से खोज के बावजूद पता नहीं लगाया जा सका।
यह घटनाक्रम जेजे अस्पताल के फोरेंसिक विशेषज्ञ डॉ. ज़ेबा खान की गवाही के दौरान सामने आया, जिन्होंने शुरुआत में 2012 में हड्डियों की जांच की और पुष्टि की कि वे मानव अवशेष थे। अभियोजन पक्ष की कहानी को स्थापित करने के लिए डॉ. खान की परीक्षा महत्वपूर्ण थी।
अभियोजन पक्ष ने पहले हड्डियों का पता लगाने के लिए अतिरिक्त समय का अनुरोध किया था, जिसका बचाव पक्ष के वकीलों ने विरोध नहीं किया। हालाँकि, उन्हें खोजने में विफल रहने के बाद, अभियोजन पक्ष कथित तौर पर हड्डियों को सबूत के रूप में पेश किए बिना डॉ. खान की गवाही के साथ आगे बढ़ने के लिए तैयार है। इस कदम से, अभियोजन पक्ष के मामले को कमजोर करने की संभावना थी, लेकिन बचाव पक्ष की ओर से कोई आपत्ति नहीं हुई।
सीबीआई का आरोप है कि शीना बोरा की 2012 में उसकी मां इंद्राणी मुखर्जी, उसके पूर्व पति संजीव खन्ना और ड्राइवर श्यामवर राय ने गला घोंटकर हत्या कर दी थी। उसके बाद शव को कथित तौर पर पेन गांव ले जाया गया और जला दिया गया।
2012 में पेन पुलिस द्वारा बरामद अवशेषों को जांच के लिए जेजे अस्पताल भेजा गया था। मामला 2015 तक अनसुलझा रहा जब राय की गिरफ्तारी से कथित हत्या का खुलासा हुआ।
खार पुलिस ने बाद में 2015 में निपटान स्थल से अतिरिक्त अवशेष बरामद किए। इन अवशेषों को आगे की जांच के लिए एम्स, दिल्ली भेजा गया ताकि यह पुष्टि की जा सके कि क्या वे 2012 में पाए गए अवशेषों के समान व्यक्ति के हैं और लिंग, आयु और मृत्यु का कारण निर्धारित करने के लिए .
सीबीआई का कहना है कि अवशेषों के दोनों सेट शीना बोरा के हैं। हालांकि, इंद्राणी मुखर्जी के वकील रंजीत सांगले इस दावे का खंडन करते हुए तर्क देते हैं कि 2012 और 2015 के अवशेष एक ही व्यक्ति के नहीं हैं।
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